L'estació de Girona estava situada en el quilòmetre 0 de la línia i ocupava una gran explanada de 13.187 metres quadrats.
Les instal·lacions mai van ésser definitives degut a un problema amb l'expropriació de part dels terrenys que havia d'ocupar l'estació. Per aquest motiu es va haver de realitzar un estudi alternatiu. L'estació, que deuria ser del mateix tipus que la de Sant Feliu de Guíxols, va quedar amb un edifici provisional per als passatgers, unes andanes una mica més curtes i un nou emplaçament per a la rotonda i dipòsit de locomotores. Degut a aquesta indefinició permanent, els trens van acavar i començar la seva jornada durant molt temps a Sant Feliu.
Plànol pertanyent al fons de l'Arxiu Municipal de Sant Feliu de Guíxols
L'estació havia de ser de primera categoria, però sempre va tenir un edifici provisional de 136 metres quadrats que era de fusta i maons, amb aïllants de serradures de suro als envans, i teulada a dues aigües de planxa galvanitzada. A diferència de les altres estacions, no tenia vivenda per als empleats. Només tenia una sala d'espera, la guixeta, despatx del cap d'estació i el de facturació de mercaderies a gran velocitat. A l'altre costat de les escales contigües a l'edifici de l'estació que comunicaven amb la N-2 hi havia els serveis i una mica més enllà un quiosc.
Davant les andanes de l'estació estava el moll cobert en què es transbordaven les mercaderies als trens de la antígua Tarragona-Barcelona-França, que posteriorment fou absorbida per M.Z.A. i que finalment es va convertir en part de RENFE. Intermedi entre l'estació i aquest moll hi havia un gran pati pensat per a les carretes i demés vehicles de transport lleuger de mercaderies.
Tancaven el pati per la part posterior les molles coberta i descoberta del SFG com a part de la P.V. (petita velocitat o trànsit lent de mercaderies).
Pròxim a la porta d'entrada al complex des del carrer hi havia la plataforma giratòria un cobert per dues locomotores i el tanc d'aigua, que es van posar a punt quan ja van començar a dormir locomotores a Gerona per fer el primer tren del matí, en detriment de l'últim que arribava a Sant Feliu, que es va suprimir.
Aquestes tres fotos van ser realitzades per Jean Henri Manara© en 1969 i mostren l'aiguada, el moll cobert amb tot el material immobilitzat i la locomotora núm. 6 amb un tren de baixa velocitat.